第一師阿拉爾市屬暖溫帶極端大陸性干旱荒漠氣候，極端最高氣溫35℃（沙井子墾區每隔5～10年遇最高溫40℃），極端最低氣溫-28℃（四團墾區最低氣溫為-33.2℃）。墾區太陽輻射年均133.7～146.3千卡/平方厘米。年均日照2556.3～2991.8小時，日照率為58.69%。墾區雨量稀少，冬季少雪，地表蒸發強烈，年均降水量為40.1～82.5毫米，年均蒸發量1876.6～2558.9毫米。墾區以灌溉為主，主要利用昆馬力克河、哈拉玉爾滾河、阿克蘇河、多浪河以及葉爾羌河、和田河等河水。